Para el año modelo 2006, introdujo un nuevo Lincoln Zephyr como su nivel de entrada de coches de lujo para llenar el vacío dejado por el suspendido de la versión V6, Lincoln LS. El Zephyr, junto con el Ford Fusion y Mercury Milán, que comparten la misma plataforma CD3 de Ford, se construyó en la ciudad de Hermosillo, Mexico, haciendo que el Lincoln Zephyr el primer coche montados fuera de los Estados Unidos a la venta en el mercado de los EE.UU..
En los primeros 5 meses de producción, los concesionarios de Lincoln vendió sólo 4.895 Zephyrs hasta enero de 2006, pero 15.672 Zephyrs se vendieron en los primeros 6 meses del año civil 2006.
Para el 2007 el año del modelo, el Zephyr es la nueva la MKZ, Lincoln siguientes de la nueva convención de nomenclatura alfanumérica utilizando abreviaturas a partir de MK, en lugar de nombres tradicionales (por ejemplo: el 2007 Lincoln MKX crossover utilidad vehículo fue designada originalmente para el 2007 Aviator) . Junto con el nuevo nombre, el MKZ recibirá un nuevo motor más potente en comparación con el Zephyr, y cambios menores.